日本政策金融公庫の新規開業資金ですが、要件に事業開始後おおむね５年以内の方 ということがあります。

これは、読んで字のごとく。
事業を始めてから、５年までを新規開業と見ているということです。
ではここで、ひとつ疑問。
例えば個人事業主を２年行ってから会社にした場合、どうなのでしょうか？

この場合、個人事業主を始めたところが事業開始です。

つまり、個人事業主を始めて２年経ち、会社に法人成りして３年までが、新規開業の目安ということになります。