助成金と、地方に法人を設立して本店とし、東京都に支店をおく場合の本店所在地に関して

基本的に、日本に本店のある（または、例えば東京都の助成金や融資などは東京都に本店があるという要件がある場合もあります）会社が対象になりますので、本店は東京などにおかれた方が便利かと思います。