（答え）
基本的に自己資金とはなりません。ただし、ないよりははるかにマシです。
理由としては、奥様が働いていらっしゃるからです。
つまり別の人間なんですよね。

専業主婦であれば、奥様名義の通帳も一家のお金とみなされますが、奥様が働いている場合、夫婦でも別会計となります。

しかし、例えば夫婦で奥様の口座に入れている場合もあるでしょうし、そのあたりキチンと説明すれば、かなり有利になる可能性があります。

別の問題ですが奥様が保証人になる場合、へそくり等奥様名義のものも自己資金の一部となりますので（通帳等に入っている場合など、明確に確認できる場合。タンス預金では駄目）、保証人をたてる場合はこれも有利な材料になります。